AmpArray™用于检测基因在不同样品中的表达差异(表达谱)。AmpArray™在一个96孔的PCR平板排列着48对（每对引物有2个孔）用于扩增特殊基因片断的引物（图1）。其中包含一对看家基因（G3PDH）的特异引物，作为正对照，其余的引物对应于各自的基因，这些基因按照不同的生物功能，如生物途径，疾病基因或基因家族来进行分类而置于同一AmpArray™ PCR平板。这些引物通过高可信度的引物设计算法来设计的，它们有统一的退火温度和相近DNA长度的PCR产物使得一套PCR的反应条件可以适用于每对引物。

RT-PCR是一种简单而可靠的可用于比较基因在不同样本中表达水平的方法，但是，很难用同一PCR条件在一块96孔板中完成多个基因的扩增。它需要每对引物都适合在一种PCR条件下进行扩增。出于这个目的，我们尽力优化引物对以至每对用在AmpArray™ PCR中的引物都可以扩增成功。图2中展示了一个使用AmpArray™的MAP激酶的例子。

• 特定基因家族的表达谱分析
• 检测低拷贝数的基因表达差异
• 可以检测和发现基因多剪切方式
• 验证来自于高密度基因芯片的数据
• 检测RNA干涉的基因表达情况

• 容易使用并且节约时间：无放射性标记，无需杂交，1到2天内就可以获得数据；
• 费用低廉：不需要贵重的仪器，只需要一台96孔的常规PCR仪；
• 高灵敏度：PCR循环数可以根据样品的转录水平进行调整；
• 高特异性：每对引物都是精选的，并且结果是可预见的；
• 可利用总RNA：只需两个逆转录反应，即可对上百个基因完成检测，优化的引物对可以避免DNA污染所带来的影响。
• 易发现特异基因的多种不同剪切方式 (图.2).